Как раз про это. Эти две папки между собой должны максимально мало знать друг о друге и везде это можно решить через интерфейсы но когда мы говорим о связях сущностей тут не подсунуть интерфейсы . Вот я задаюсь вопросом не лучше ли указать эту связь в самой родительской папке тем самым вынести ее из тех двух
ну вы где то не туда свернули. То есть построить слабосвязанные модули ограничивая себя каким то выбором ОРМ движка, как это так? Речь не о том как у вас на уровне ОРМ либы будут сущности мапится, а о том на сколько изолированы модули. Задайтесь вопросом, что будет с вашим приложением, если вы вдруг решите заменить ОРМ либу?