Смените "папку" и "модуль" на правильный термин "ограниченный контекст" и ответ выше найдете.
Да, если вы выделяете контекст, тогда ДА, логично по контексту группировать сущности. В случае PHP вы для этого, что логично, будете использовать пространства имён.