То есть эволюция так примерно идёт:
1. Бесструктурный монолит
2. Слоистый монолит
3. Модульный монолит
И попытка прыгнуть сразу на третий уровень... В принципе осуществима, но потребует значительно больше усилий )
При этом "слои сами выделятся", как ты говоришь, что значит что этап всё равно будет выполнен.
———————
Какой уровень архитектуры использовать для конкретного приложения, зависит от его сложности.
Каким-то приложениям достаточно первого или второго уровня, а более продвинутые уровни для таких приложений, это over-ingeneering