В одном проекте вы стараетесь использовать одно корневое пространство имён или несколько? Если использовать одно корневое пространство, то получается сложно подтягивать дополнительные библиотеки в src/. Тогда надо заводить директорию для библиотек не обслуживаемых composer-ом