Дополнительные отчеты и обработки - это справочник, в котором хранятся внешние файлы. (вам именно он и нужен)
Механизм расширений - это именно доработка программы, которая не влияет на обновления (но может сломаться после него).
вам просто надо сделать обработку-поместить в этот справочник и все
ничего не нагуглил, додумался только до
&После("ПриНачалеРаботыСистемы")
Процедура Расш1_ПриНачалеРаботыСистемы()
НоваяОбработка = Справочники.ДополнительныеОтчетыИОбработки.СоздатьЭлемент();
// ...
НоваяОбработка.Записать();
КонецПроцедуры
но у меня такое чувство, что это как-то не так должно делаться