Поделитесь пожалуйста обработкой для удаления любых объектов из конфигурации минуя пометку на удаление, например выбрали справочник или документ и там выбрали нудные для удаления объекты( или все разом).
Это плохо, а тех, кто такие обработки пишет, нужно в отдельный реестр внести.