Ну так и тут можно встроенным make пользоваться и в этой же среде отлаживаться.
Так что автогенерация мэйкфайлов меня как раз немного напрягает. А со встроенным мэйком как раз часто такие проблемы(потому и ушёл от sw4stm, хотя и её можно нормально настроить для работы с кастомным мэйком)