Нет нельзя, если уже запушил. У коллеги, например фронтендера, может сломать базу, если ему надо работать со своим фронтом из отдельной репы, и он запускает бекенд из твоей ветки. Менять можно только миграции которые не пушил. Все что пушил - потенциально мог кто-то прогнать и менять уже нельзя.
А через год выпиливаются все миграции и оставляется одна с результатом работы функции mix ecto.dump но это как говорится next level play, для начала достаточно все изменения делать в новых миграциях)