ну то есть, был config.exs, куда сливались общие и дефолтные вещи.
были
config.dev/test.exs, куда шла конфигурация для локальной разработки и тестов.
был releases.exs, в котором писался скрипт конфигурирования релиза из env.
прекрасная и полностью понятная ситуация же - всё, что не releases.exs работает в компайл-тайме и запекается в статичный sys.config релиза.