Если биос не будет проверять сигнатуру, как он поймёт, что это корректный сектор? А не просто чистый (заполненный нулями или ещё чем-то), как и весь диск, например.
Ему и не надо это понимать. В правильно установленной системе там всегда загрузчик. Сигнатура AA55 появилась вообще с DOS 3, ЕМНИП, до этого в бутсекторе не было bpb, а тип фс определялся по первому байту FAT