Понимаю, что нужно сначала создать репозиторий, а потом клонировать. И после этого уже можно создавать проект в склонированном проекте. А что нужно сделать, чтобы вышеописанное избежать.
P.S. Решал немного так - переименовал папку с проектом, а потом клонирую репозиторий к себе, а содержимое переименованной папки перемещаю в склонированный репозиторий. Но это глупо и не вариант ((