Чтобы вопрос/ответ был более информативен для всех, попрошу чуть более подробно описать:
1) Какая аппартная платформа?
2) Какая стоит задача (высокоуровнево)?
3) Что реализовано в прошивке FPGA, что на софте?
4) Что конкретно сейчас не работает или работает не так?