Ну как проиграли - у японцев больше не было ни сил, ни денег продолжать войну, поэтому они и готовы были согласиться на мир на любых условиях. Мы же могли воевать и дальше, но в глазах общественного мнения война была непопулярна и слишком дорога, были проблемы с доставкой войск и грузов (транссиб был окончательно достроен лишь к 1916 году), считалось, что война шла за «ненужные» территории, и царь решил сосредоточиться на внутренних проблемах, которых было, безусловно, очень много.
Вы назвали кучу причин по которым мы не могли воевать. Первое это отсутсвие соответвующего флота. Второе основные базы снабжения на западе. Политическая конъюнктура против России. Вот и результат. Лучшие территории в которые вбухали деньги ушли японцам. Потеряли навсегда северный Китай Манчжурию и Корею. А так. Да мы победили.