ну это смотря какие, все что через пакетный - ставиться /uss /opt в зависимости от типа приложения. В линуксе нет такого понятья "папка с программой", есть папка логов, конфигов, бинарей, библиотек
Я в курсе. Я хоть на винде сижу, я все-таки с линуксами (разными) много работал (не тот случай, что не читал, но осуждаю). Я и говорю "размазан". Томкат к примеру совсем по разному лежит.