Просто как только хотите нативных либ, мигом напарываетесь на то, что они у вас разные для разных систем и их надо подтягивать в разных местах по-разному.
про либы да, это пиздец. я с этим заебался в нативных модулях ноды - это адище, там ещё нормальный прибилд даже не сделать, каждая зависомость, собирает плюсы при установке. между системами всё взрывается разумеется.
мне поэтмоу нравистя больше подход который иногда делают в фейсбухк, они выносят либу в отдельный сервис/бинарь, компиляюи их под все поддерживаемый платформы и просто запускают нужный на нужной платформе. вот собственно я прицениваюсь подобное на граале натворить