Есть такая практика как принятие/непринятие списанных на проект трудозатрат решением PM.
Мое личное мнение - перерасход 10% - норм., до 15% - нехорошо, потрудитесь объяснить, wtf, что сверх - не принимаю, и точка.
Да, и в любом случае сообщайте о превышении до, а не после.
Бывают ситуации, когда производственная команда делает группу задач, ну тогда можно заключать пакетное соглашение - всего потратьте столько-то, а если здесь больше, там меньше, это без разницы.