Можно - если работать во внутренней файловой системе.
Но получаем несколько неприятных моментов
Если открываем проект из виндового шторма по сетевой шаре, то получаем тормоза с индексацией. Плюс дикую ебучку с xdebug - чтобы пробиться в контейнер, который лежит в виртуалке, к которой невозможно обратиться по ip.
Если открываем проект в линуксовом шторме (с пробросом X11 на винду), то получаем отрубленный пунтосвитчер (хотя это, в принципе, не всем надо) и, главное, тормоза GUI