в runetime я дебажил только когда я программировал на php, а на java мне такое не приходилось делать, обычно весь программный код покрывается тестами - полностью!
если возникает какая-то проблема, то ставишь стопы, запускаешь тест и у тебя программа замирает на определенной точке, где ты уже можешь смотреть какие данные у тебя имеются