1. Почитайте доку на jdbc.postgresql.org 2. Найдите где в яве конфигурится соединение с вашей БД и проверьте какие параметры там передаются. Возможно там какая-нибудь чушь про кодировки, уберите её. 3. Запускайте ява процессы с параметром -Dfile.encoding=utf-8