Конечно, в некоторых местах он будет. Но по сравнению с общим числом запросов таких мест будет довольно мало. Квери-билдеры используют вовсе не для того, чтобы не изучать SQL, если что)))
чем старее проект, тем таких костылей больше, и тем больше они запутаны, а когда билдер или орм уже не поддерживается давно, становится совсем грустно