stop_entry_only это первая остановка на маршруте, с неё не всё так просто, как с обычным stop в середине маршрута, отсюда два варианта
Если остановку надо передвинуть, то лучше "отсоединить точку от линии" и "спроецировать на линию" в правильном месте.
А если маршрут отменили или остановка больше не часть маршрута, то можно и жахнуть) Ибо маршруты в iD просто невозможно нормально поправить