Потому что это логирование не магическая какая-то фигня, а логирование запросов которые по времени превышают long_query_time.
https://mariadb.com/kb/en/slow-query-log-overview/

еще мемкеш может мандить, если вообще настроен

да чекал, вроде ок

select * from instances
2712 rows in set (0.052 sec)

nova не проходится по каждой ноде за дополнительными данными ?

Я считаю, примерно так нужно смотреть в порядке убывания вероятности:
1. Тормоза из-за медленных дисков в mariadb
2. Тормоза из-за сети\нехватки памяти в galera кластере, короче, из-за того что какой-то экземпляр базы остальные тормозит
3. Негодные настройки буферов или индексов в mariadb или использование MyISAM :D
4. Беда с дисками на серверах где rabbitmq
5. Неоптимальные настройки api сервисов.

У нас было, например, такое что нейтрон выжирал кучу соединений, бросая их незакрытыми и поэтому mysql всё остальное нахуй слал, так как максимально разрешенное число соединений превышено.

не понимаю, как посмотреть?

И были реконнекты, ошибки тасков по таймаутам и все такое.

проблема в том, что медленно выполняются большие запросы.

(kolla-toolbox)[ /]# time openstack server list --all | wc -l
400

real    0m17.280s
user    0m1.026s
sys     0m0.236s

(kolla-toolbox)[/]# time openstack server list | wc -l
5

real    0m1.738s
user    0m0.727s
sys     0m0.143s

Ну начни с того что запусти клиент с ключом --debug и посмотри к каким API консольный клиент обращается.

я запускал.

к нове он обращается server/detailed

А потом по очереди точно ткие ж запросы дерни вручную с time и посмотри какой из api медленно отвечает.

и он медленно отвечает)

А что показывают slow query?

ничего, в логах пусто, нет медленных запросов

поэтому я думаю, что дело не в базе

И в настройках новы попробуй оставить 1 адрес мемкэша и запустить снова запрос

Если у тебя он не за хапрокси

А какое у тебя время считается медленным?
Прописал его в конфиге?

И дебаг логирование во всех api включи. Они же логируют время выполнения всего что только можно.