эмм.. не) хотя кто как
ну смотри в плагинах у тебя твоя логика и в темах тоже, они обязательно по-моему должны быть в репозитории. Тему меняешь в любом случае под себя..
storage тоже частично, хотя в нем только структуры папок достаточно иначе будет ругать.
Если проводить аналогию с ларой, то у неё пространство имен App, а тут у каждого плагина свой "App" где файл Plugin.php выступает в качестве сервиспровайдера, который всё подрубает через boot(), register() + октябрьские методы