Дружище, начнем с отличий: как ты сам сказал mongo и sql это базы данных, то есть для хранения информации.
passportjs это фреймворк для создания системы авторизации и аутентификации: с помощью него можно авторирировать пользователя как через внешние системы (фейсбук, вконтакте и тп), так и через свою внутреннюю.
Если у тебя вопрос "нужно ли для авторизации использовать базу данных" то ответ "зависит от твоего проекта". Если ты хочешь хранить данные пользователей (например, свою систему авторизации пилишь) то нужно. Если используешь внешние системы то не обязательно.
Оффтоп: я дак этот passportjs так и не смог заимплементить, че-то вначале не пошло а потом свои костыли вроде как работоспособные стали %)