Насколько я знаю, удаление "стоп-слов" придумали в information retrieval (то бишь для поисковиков), чтобы не матчить по ним запросы с документами - иначе было бы слишком много ложных матчей.
В большинстве других задач стоп-слова не очень вредны, так что если их не удалять, кажется, сильно хуже не будет.