Не надо убирать! Несколько раз очень пригождалось.
Когда в поле в НГМ создавал слой для сбора данных, потом сразуже их отправлял на веб-ГИС, и потом через мобильный браузер создавал вновь добавленому слою стиль Mapserver и добавлял на веб-карту.
Я правильно понимаю, что тут вопрос не в mapserver vs qgis, а в том что mapserver можно вообще без десктопа создать можно, ну и по-умолчанию он что-то предлагает.