Вообще, если инструмент не сумел опознать систему координат в XML документе, он такое сообщение пишет. Трансформировать такие координаты в WGS84 не получится, они останутся абстрактными для системы, пока вы сами не укажете нужную СК (либо она не назначится автоматически по умолчанию).
Мы либо пока не знаем про эту СК (записанную в XML), либо она там совсем не задана, либо задана недостаточно конкретно, например иногда в XML встречается просто "МСК" или подобные ничего не значащие метаданные.
В вашем случае, если вы сами знаете правильную СК и назначаете её данным (вручную или через настройку по умолчанию), обращать внимание на это предупреждение не нужно.