возможно просто дело в том, что данные из Веб ГИС на веб картах показываются в определенной СК, принятой в веб-картографии, а в кугисе вы можете загружать и перепроецировать данные как угодно (если это нужно). Поэтому это совершенно нормально. В целом в 99% случаев стоит оставаться и работать в одной системе, чтобы было меньше вопросов.