в линуксе l2tp и ipsec существуют по-отдельности. Надо отдельно настроить xl2tpd для создания туннельного интерфейса, логина, пароля, ip-адреса - вот это всё.
отдельно - strongswan для ipsec.
В микротике как бы тоже они отдельно, но там в настройках l2tp-server сделали галку use IPsec, которая создаёт настройки по умолчанию для ipsec.