Эм.. В копилку решений.
Проблема: при синхронизации больших файлов выдаёт ошибки. Разный софт выдаёт текст ошибки по разному.
В чем проблема: На сервере раздел /tmp создан как tmpfs с мелким размером, чтобы не насиловать ssd. По дефолту nc при синхронизации как раз юзает /tmp.
Решение: Перенос временного раздела для пехапа.
Т.к. у меня пехап разделён по пулам, в файл /etc/php/7.2/fpm/pool.d/nc.example.net.conf добавить строку
php_value[upload_tmp_dir] = /data/www/example.net/nc/tmp/

Каталог /data/www/example.net/nc/tmp/ с правами www-data и 777