По ощущениям, Python не всегда вытесняет R в биоинформатике. Там, где считают, мРНК какого гена преобладает в той или иной ткани, по ощущениям чаще считают на R. Python больше преобладает в тех областях, где стараются применять методы машинного обучения и нейронки для анализа. А так ещё много кода на баше, в том числе всякие циклы.