Это просто файлы. Я первые два релиза ещё со времён тигра ставил с нуля, потом забил и всегда ставил поверх. Проблем не было.
Смотря с каким софтом работаешь. Если это софт от Apple (FCPX, Apple Motion) — лучше ставить новую ось с форматированием.
Особенно при переходе на APFS — банально диск быстрей работает после полного форматирования.