ладно, конкретнее. есть yii, у него довольно определённая струкутура каталогов. его индекс лежит в \basic\web. у меня есть приложение app, оно лежит в \inetpub\wwwroot\app, соотно, получается у меня индекс в \inetpub\wwwroot\app\basic\web. но если я скажу, что у меня корень в \inetpub\wwwroot\app\basic\web, то для доступа в /app/index.php будет смотреться путь \inetpub\wwwroot\app\basic\web\app\index.php