замером расстояния можно узнать только одно расстояние, между какой-то парой точек. оно будет фиксированным. потом можно померять ещё между какой-нибудь парой. что должно быть минимально? может быть, сумма расстояний (если списки одинаковой длины)? это уже сложная задача, для двудольного графа, возможно, как-то решаемая.
или сумма квадратов расстояний.
в простейших случаях может работать жадный алгоритм, например, описанный выше.