Эмм, ну да. Файлы на жестком диске шифруются, либо сторонним приложением, либо встроенными средставами Оси: МакОС - FileVault, Шиндошс - BitLocker. Но данные на носителе же уже появлялись в незашифрованном виде!
Я точно помню, что у битлокера есть опция зашифровать вообще весь накопитель либо только имеющиеся файлы. Если шифруешь весь, то эта проблема решена. А у filevault не помню как.