Пролог критикуется, в первую очередь, за неполную декларативную природу: создание сколько-нибудь сложных и практически полезных Пролог-программ в полностью декларативном стиле практически невозможно, программист вынужден прибегать к процедурным приёмам, что приводит к резкому возрастанию сложности создания и отладки программ, а также плохой контролируемости промежуточных результатов.