1. Пакетный менеджер никогда не лезет в домашние каталоги пользователей (и это правильно). Как следствие он не в курсе каких кешей, конфигов и прочего там под пользователем насоздавалось.
2. Всякие кеши, логфайлы в системных каталогах тоже могут создаваться в процессе работы софта и про них пакетник тоже знать не обязан.
Короче. Пакетный менеджер отвечает только за те файлы которые были в пакете на момент установки. Про всё остальное он знать не знает и ведать не ведает.