просто когда ставишь на первый хард к примеру винду, отключай второй хард, потом отключи хард с виндой, подключи второй хард и ставь линь...потом смело можешь подключать оба харда,у каждой ОС на своем харде будет свои загрузчик и системы не будут зависить друг от друга
можно сделать update-grub, он найдет хард с виндой, и добавит ее в граб, сам загрузчик винды не тронет на другом харде