Благодарю за ответ, хотя по моему он неоднозначный, ведь многие бизнес-логику и в контроллерах пишут, и вообще думаю на таких "разработчиков" лучше не ориентироваться. Вы же пишете архитектуру вот и пишите сразу грамотно архитектуру что бы новички учились правильно проектировать приложение, а не писать бизнес логику в модели, они же сами определяют модели как сущность БД по умолчанию, даже модель User создают для примера которая привязана к таблице
по мне вообще бредово группировать классы по их ответственно, по типу модели в папке models/, Exception в папке exceptions/ и тд
согласен с мнением, что фреймворк предоставляет только скелет - у тебя полная свобода проектирования своего проекта