в 4 версии ларки была папка models, потом ее убрали, вообще не вижу трабла что модели лежат в app ниже остальных папок, все равно все файлы в проекте ищутся через комбинацию клавиш ctrl+shift+n в пхп шторме, не знаю кто щас глазами просматривает папку и мышкой кликает на файл
с такой логикой можно вообще не разбивать на директории, не создавать архитектуру, а просто все в одной папке app, все файлы, и искать все через ctrl+shift+n, тоже нормальный подход, почему нет?