как удобно. Придумай папочку типа Helpers или Services, можешь внутри создать структуру папок, например папка Query (тупо говоря) в которой классы с выборками той или иной сущности, будь то Payments, Reports и прочее. Для себя обозначь цели для папок с теми или иными классами.
Просто нужно меру своего же удобства тоже знать, возможно я буду потом в другом проекте и там папочки будут другие и свою мысль донести не смогу, нужно будет переучиваться, а тут паттерн, он как бы принят вроде и есть его четкий шаблон