Spring Native и Kotlin Native - это 2 очень разных native-а
в случае Spring - речь идёт о GraalVM native image в случае с Kotlin - речь идёт о бякэнде компилятора который умеет генерировать LLVM-совместимый байткод
это конфуз изза названий и области примененний. у ktor-а 2 части. ktor фреймворк, и ktor клиент. Клиент может компиляться в JVM/JS/Native. Фреймворк - пока что нет, хоть это и есть в отдалённых планах.