Ох, ну и задачки.
У нас тут в чате математики есть, они наверное знают хорошее решение.
Но на первый взгляд кажется, что это задача на формулу включения исключения.
Добавляешь новый параллелепипед, вычисляешь пересечение с предыдущими, если где-то пересечение нетривиальное, то добавляешь пересечение (так как пересечение двух параллелепипидов - это параллелепипид).
Если повезёт, то новых объектов будет добавляться не очень много и эта штука будет расти линейно, а не экспоненциально.