Проблема не в аннотациях как таковых, а в постоянном использовании кодогенерации и вызовах setter'ов откуда-то изнутри (а то и записью рефлекшном).
Это допустимо как исключение в редких кейсах, но когда на этом строится бизнес-приложение- это АДЪ.
Есть мнение что все эти фортели с DI и аннотациями заходят на интеграционном уровне, и что ни в коем случае нельзя автовайрить внутри бизнес логики. Но на каждое мнение есть контрмнение, которое гласит: "когда нельзя но очень хочется, то можно". Накушавшись ада с такого, хочешь не хочешь а ненароком возненавидишь виновника)