У нас на самом верхнем уровне база знаний поделена примерно так:
* Обеспечивающая система (мы сами)
 - События
 - Команда
 - Регламенты
 - Проекты
 - Планы, беклоги
 - Организация
 - Инфраструктура проектной работы (инструменты, которыми работаем мы)
 - ...все такое
* Целевая система
 - Бизнес-окружение (контекст), сфера деятельности
 - Бизнес-архитектура решения (замысел, концепты, стейкхолдеры)
 - Информационная и социо-техническая архитектура решения (деление на поддомены, бизнес-функции и бизнес-процессы, новая организация, информационные модели в разных доменах, аналитические политики и стандарты)
 - Архитектура приложений (общие принципы и политики, деление на подсистемы и сервисы, архитектурные описания отдельных подсистем и сервисов, обеспечение отдельных аспектов качества)
 - Техническая архитектура (архитектура инфраструктурного обеспечения целевой системы) (все про хостинг, мощности, мониторинг, сервера, ЦОДы, и т.п.)
* Площадки внедрения решения у клиентов
 - Общие материалы по всем клиентам типа методик внедрения и консалтинга
 - По каждому клиенту отдельно (команда с той стороны, ландшафт, особенности интеграции, договорные документы, )

А это ответ на какой вопрос?

А про рекомендации по организации материалов (в т.ч. в wiki)

А где тут рекомендации?

Т.е. какой смысл в "у нас сделано так" без описания "почему сделано именно так" и "какие проблемы решили/не решили"?

Рекомендация стандартная: "посмотрите, может вам тоже подойдет".

Сделано так из соображений системного подхода

А вы всегда так работаете? Берете что угодно и откуда угодно и "вдруг подойдет"?

А вы всегда так наезжаете?

Когда дают вредные и бесполезные советы - да.

Тогда просьба аргументировать вредность

Обычно аргументируют полезность

Схема достаточно универсальная (специально так сделана), хотя конечно, для разных контекстов все равно разные аспекты будут проситься к выпячиванию.

Тем более что вредность таких документов достаточно очевидна.

Вредность wiki-систем?

И схема, конечно, нефига не универсальна, ровно наоборот - очень сильно заточена на конкретную компанию.

Чем же заточена?

Вредность любого нововведения без экономического обоснования ее пользы довольно очевидна, кмк

- Давайте сделаем XYZ!
- почему?

А не

- мы сделали XYZ. Докажите что не правильно!

Конктретным списком пользователей данных. Но вы этот список, похоже, даже не рефлексируете )