Ну я предпочитаю использовать инструменты так как их задумывает автор, а не гарадить свои костыли. Проблема в том что если вы в будущем захотите поменять что то в кубе, что очень даже вероятно, то придется переписывать все свои правки и в один прекрасные момент вы что то забудите. Поэтому самый хороший путь это оставить код генерированный кубом, а свой перетащить скажем в App/Src/app.c или что то подобное.