Дело не в 12 факторах, конечно.
Реальная проблема с тем, что все поставляется через файл конфига, это, например, неудобство сборки докер-образа.
Либо нужно билдить сразу с конфигом, и тогда образ становится небезопасный для публикации во внешний мир, а также неконфигурируемый, и второй вариант это монтировать папку с конфигом. В кубернетесе было легко монтировать configMap как папку, но не везде есть такое удобство.

Дело не в 12 факторах, конечно.
Реальная проблема с тем, что все поставляется через файл конфига, это, например, неудобство сборки докер-образа.
Либо нужно билдить сразу с конфигом, и тогда образ становится небезопасный для публикации во внешний мир, а также неконфигурируемый, и второй вариант это монтировать папку с конфигом. В кубернетесе было легко монтировать configMap как папку, но не везде есть такое удобство.

Видел ещё вариант скачивания конфига по http на старте

Видел ещё вариант скачивания конфига по http на старте

Брать из волта и консула

а как конфигурится http по которому скачивать?

Через впн на уровне системы. Настроить роутинг чтоб он шёл через впн