сделай map[string]struct{} (string - например join через запятую или еще какой разделитель всех полей в строке) из первой таблицы и потом проходя по второй просто смотришь что в мапе, если есть, если нету - ругаешься (там уже зависит что тебе надо)
Ну как вариант тоже думал о чем-то подобном - делать хешфункцию, хешировать данные одной таблицы, потом сравнивать с данными из другой, а если есть разница - уже брать две строки и анализировать детальнее