Раньше в самолёте выдавали, да. Но в этом-то и изменение, что теперь по новым правилам заполнять обязательно нужно в эл.виде до полёта в Россию, чтобы код был. Роспотребнадзор анонсировал ещё осенью в СМИ эти изменения.
Второе, ваш сертификат сам не подгрузится к анкете на Госах. Это нужно сделать вручную.