Сейчас в разъяснении налоговой указано, что нужно вносить всю поступившую от покупателя сумму (есть нюансы со стоками, но речь сейчас не о них), без учёта расходов продавца и проч.
У PayPal есть представительство в РФ, он подчиняется в т.ч. российским законам, т.е. когда налоговая захочет устроить проверку самозанятого (через пару лет, кажется, заканчивается обещанный налоговой беспроверочный период деятельности самозанятых), то вполне сможет и с вас самой спросить подтверждающие документы, и сделать запросы и в ваши банки, и в PayPal.